若該電腦有讀卡、取卡、寫卡需求（若該電腦讀卡、取卡、寫卡發生問題，也可優先檢查健保雲端安全模組主控台是否出現異常或沒有啟動的情形），便需要安裝健保卡讀卡機控制軟體，可至健保署https://www.nhi.gov.tw/ch/lp-2693-1.html下載，安裝包中有健保署的手冊，可閱讀檢視，並有簡易故障排除教學。
安裝完成後，將健保署核發的安全模組檔(壓縮檔，解壓縮後是SAM檔)存到C:\NHI\SAM\COMX1 (儲存時須先存檔再解壓縮，而不是先解壓縮再存檔)。注意！安全模組檔須視該客端電腦要處理的診所是哪一間，不同診所要使用不同的安全模組檔，涉及寫卡(IC卡上傳)。
若該電腦為各診所共用(聯合診所)，非屬於某一家診所時，該電腦可任意使用某一家診所的SAM檔（只要該電腦不處理寫卡/上傳作業即可），該電腦欲切換SAM檔時，於C:\NHI\SAM\COMX1中將原SAM檔刪除，再將欲切換的診所SAM檔解壓縮後存放在同個位置，開啟桌面上的健保卡讀卡機控制軟體，如下圖，點擊”SAM認證”，當”SAM(雲端安全模組)”欄位顯示”2(與IDC認證成功)”即完成切換。
